按原料是否熟化处理可分为生麦曲和熟麦曲。
按曲中的添加物来分，又有很多种类，如加入中草药的称为药曲，加入豆类原料的称为豆曲(碗豆，绿豆等)。
按曲的形体可分为大曲(草包曲、砖曲、挂曲)和小曲(饼曲)、散曲。
按酒曲中微生物的来源，分为传统酒曲(微生物的天然接种)和纯种酒曲(如米曲霉接种的米曲，根霉菌接种的根霉曲，黑曲霉接种的酒曲)。
现代大致将酒曲分为五大类，分别用于不同的酒。它们是：
麦曲，主要用于黄酒的酿造;
小曲，主要用于黄酒和小曲白酒的酿造;
红曲，主要用于红曲酒的酿造(红曲酒是黄酒的一个品种);
大曲，用于蒸馏酒的酿造;
麸曲，这是现代才发展起来的，用纯种霉菌接种以麸皮为原料的培养物。可用于代替部分大曲或小曲。目前麸曲法白酒是我国白酒生产的主要操作法之一。其白酒产量占总产量的70%以上。
