曲药本质不同：传统的酒曲，其本质之一就是粗酶制剂。但传统的酒曲的缺点是酶活较低。现代，由于酶制剂工业的发展，在酒的生产过程中，适当加入一部分酶制剂以代替部分传统酒曲。甜酒曲为糖化菌及酵母制剂，其所含的微生物主要有根霉、毛霉及少量酵母。
酒曲发酵过程不同：酒曲在经过强烈蒸煮的白米中，移入曲霉的分生孢子，然后保温，米粒上便会茂盛地生长出菌丝，此即酒曲。曲霉产生的淀粉酶会糖化米里面的淀粉，因此，自古以来就有把它和麦芽同时作为原料糖，用来制造酒、甜酒和豆酱等。用麦类代替米者称麦曲。
甜酒曲，在发酵过程中糖化菌首先将糯米中的淀粉分解成葡萄糖，蛋白质分解成氨基酸，接着少量的酵母又将葡糖糖经糖酵解途径转化成酒精。这样就制成了香甜可口、营养丰富的甜酒酿
酒曲用途不同：现代酒曲仍广泛用于黄酒，白酒等的酿造。在生产技术上，由于对微生物及酿酒理论知识的掌握，酒曲的发展跃上了一个新台阶。原始的酒曲是发霉或发芽的谷物，人们加以改良，就制成了适于酿酒的酒曲。甜酒曲主要用于制作甜酒酿，在甜酒酿制作过程中，甜酒曲为主要的发酵制剂。
曲药原料不同：甜酒曲是多用糯米制作的，白酒曲多数是用小麦制作，有些会加入大麦和豌豆，但主体多为小麦；
酒曲菌种不同：甜酒曲中多以根霉菌和酵母菌为主；白酒曲中多数以细菌为主，辅以酵母菌，根霉菌，毛霉菌等多种微生物共同生长；
发酵温度不同：甜酒曲一般发酵温度为30℃，白酒曲中，分中温曲45—50℃，中高温曲50—60℃和高温曲60℃以上。
发酵时间不同：甜酒曲发酵60-72小时制成，白酒曲一般发酵时间在一个月以上，再根据不同的工艺确定存曲时间。
曲药用量不同：甜酒曲一百斤粮食一般用量为0.5-1斤，白酒曲中用量为粮食用量20%-100%。
